A la mort de sa mère, John Boarhog, 12 ans, se réfugie dans le plafond du Museum d'histoire naturelle de New York qu'il explore après la fermeture. Lorsqu'un rubis égyptien disparaît, il est accusé d'être le voleur. Persuadé que le véritable coupable est un criminel notoire qu'il traque depuis des années, l'inspecteur Toadius McGee prend l'affaire en main et John devient son assistant.